โรคไม่ติดต่อเรื้อรัง (Noncommunicable Diseases: NCDs) เป็นปัญหาสุขภาพสำคัญของประเทศไทย และเป็นสาเหตุหลักของการเสียชีวิตของประชากรในสัดส่วนสูง โดยมีความเชื่อมโยงอย่างใกล้ชิดกับพฤติกรรมสุขภาพและวิถีชีวิตของประชาชนในระยะยาว การป้องกันปัญหา NCDs จึงไม่อาจพึ่งพาระบบบริการสุขภาพเพียงอย่างเดียว แต่จำเป็นต้องอาศัยการสร้างเสริมสุขภาวะตั้งแต่วัยเด็กและวัยเรียน ซึ่งเป็นช่วงสำคัญของการวางรากฐานด้านความรู้ ทักษะชีวิต และพฤติกรรมสุขภาพที่เหมาะสมในอนาคต
ในบริบทของประเทศไทย โรงเรียนถือเป็นกลไกสำคัญในการพัฒนาผู้เรียนให้มีความพร้อมทั้งทางร่างกาย จิตใจ สังคม และปัญญา อย่างไรก็ตาม จากการศึกษาพบว่า การดำเนินงานด้านสุขภาพในสถานศึกษาที่ผ่านมา มีลักษณะกระจัดกระจายและขาดการบูรณาการ หลายหน่วยงานต่างดำเนินโครงการของตนเองเข้าสู่โรงเรียนโดยแยกส่วน ทำให้เกิดกิจกรรมที่ซ้ำซ้อน ไม่เชื่อมโยงกับหลักสูตร และสร้างภาระด้านเวลา ข้อมูล และการจัดการเอกสารให้แก่ครูและสถานศึกษาอย่างต่อเนื่อง ส่งผลให้การจัดการเรียนรู้ด้านสุขภาพไม่สามารถพัฒนาได้อย่างเต็มประสิทธิภาพ และไม่เอื้อต่อการขยายผลในระดับระบบ ด้วยเหตุนี้ โครงการจึงมุ่งยกระดับการทำงานหลายภาคส่วนระหว่างหน่วยงานด้านการศึกษา หน่วยงานด้านสุขภาพ และภาคีที่เกี่ยวข้อง เพื่อพัฒนาระบบการบูรณาการการเรียนการสอนประเด็นสุขภาพในโรงเรียนสังกัดสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน (สพฐ.) อย่างเป็นระบบ มีประสิทธิผล ปฏิบัติได้จริง และเอื้อต่อความยั่งยืนในระยะยาว โดยให้ความสำคัญทั้งต่อคุณภาพการเรียนรู้ของผู้เรียน และการลดภาระการทำงานของครูไปพร้อมกัน
โครงการดำเนินงานภายใต้แนวคิดการสื่อสารความรู้แบบบูรณาการโดยมีผู้ใช้ความรู้เป็นศูนย์กลาง (User-oriented Comprehensive Integrated Knowledge Translation: UCIKT) ซึ่งให้ความสำคัญกับการมีส่วนร่วมของผู้เกี่ยวข้องตั้งแต่ระดับนโยบาย ระดับวิชาการ ไปจนถึงระดับปฏิบัติการในโรงเรียน โดยมุ่งสร้างความรู้ที่นำไปใช้ได้จริง และผลักดันให้เกิดการตัดสินใจเชิงนโยบายบนฐานของหลักฐานและบทเรียนจากการปฏิบัติจริง
ในเชิงกระบวนการ โครงการเริ่มจากการทบทวนภาพรวมของโปรแกรมและกิจกรรมสุขภาพที่เข้าสู่โรงเรียน วิเคราะห์ปัญหาความซ้ำซ้อน ช่องว่าง และข้อจำกัดของระบบเดิม จากนั้นจึงพัฒนาตัวชี้วัดและสาระการเรียนรู้ด้านสุขภาพร่วมกันในลักษณะมีส่วนร่วม พัฒนาแผนการสอนที่เชื่อมโยงกับหลักสูตรและบริบทของโรงเรียน ทดลองใช้จริงในสถานศึกษา ปรับปรุงอย่างต่อเนื่องด้วยกระบวนการ Plan–Do–Check–Act (PDCA) และสรุปบทเรียนเพื่อจัดทำข้อเสนอเชิงนโยบายสำหรับการขยายผลในระดับ สพฐ. ทั้งระบบ